La Prière de Jésus est aussi parfois appelée Prière du coeur ou encore la prière d'une pensée unique. Si la forme et les mots exacts de cette prière peuvent varier, cette prière est toujours simple et courte, afin qu'elle puisse être répétée en permanence, sans distraction de l'esprit.

Cette prière a une importance particulièrement dans l'Orthodoxie. Elle été largement utilisée, enseignée et commentée tout au long de l'histoire de la chrétienté orientale. En sa simplicité, elle forme la clef de voûte de la pratique spirituelle et mystique de l'Église d'Orient, dont la finalité est l'union à Dieu, ou selon la terminologie palamite la participation aux énergies incréées de Dieu.

Si les mots de cette prière peuvent varier, une forme simple en constitue le plus souvent l'armature:

- en grec Kyrie Eleison;
- selon une ancienne traduction qui demeure la plus connue en France: "Seigneur, aie pitié";
- ou comme préfère désormais traduire l'Église orthodoxe: "Seigneur, fais-nous miséricorde".

Une forme élargie porte le nom habituel de Prière de Jésus:

- "Seigneur Jésus-Christ, Fils de Dieu, fais-moi miséricorde".

Cette prière est la forme la plus usitée sur le Mont Athos (haut lieu du monachisme orthodoxe) et dans la pratique de vie spirituelle connue sous le nom d' hésychasme.

Sa préférence vient de plusieurs points:

- elle est trinitaire: Jésus y est dit Fils de Dieu (c'est-à-dire comme étant la deuxième personne de la Sainte Trinité) et comme étant le Christ, c'est-à-dire oint de l' Esprit Saint.
- elle permet de concentrer son esprit sur le Nom de Jésus, au son duquel St Paul dit que tout genou fléchit au Ciel et sur la Terre.
- elle est la prière du Publicain, donnée en exemple par Jésus-Christ dans la parabole dite du Pharisien et du Publicain. Dans cette parabole, le Christ montre en effet la bonne façon de prier. Le pharisien par sa longue prière, de son côté prie mal, en se félicitant devant Dieu de n'être pas un pécheur comme le publicain; tandis que le publicain n'ose pas lever les yeux vers Dieu, plein d'humilité, il se contente de dire, avec justesse, cette seule phrase: "Seigneur, fais-moi miséricorde (ou encore "aïe pitié de moi"), pécheur". Le Christ conclue cette parabole en disant que le publicain rentre chez lui justifié et non pas le pharisien (Лк. 18:10-14).

D'autres exemples de prière courte sont citées dans les Evangiles, comme lorsque Pierre crie, au moment où il s'enfance dans les eaux: "Seigneur, sauve-moi". Dans tous les cas, il s'agit d'une prière simple, qui peut nous accompagner dans toutes nos activités et ainsi être prononcée intérieurement en permanence, sans interruption, afin de répondre à l'exhortation de St. Paul de "prier sans cesse" (1Фес. 5:17). Cette prière devient perpétuelle, selon le témoignage des moines, si bien que même la nuit, selon une expression du Cantique des cantiques que les moines orthodoxes prennent comme devise: "Mon corps dort mais mon cœur veille". Les moines ont souvent à cette fin de longues sessions de prière où ils s'exercent à cette seule prière dans le cadre de leur discipline, souvent à l'aide d'un chapelet en laine ou en corde et sous la direction d'un aîné (un "ancien"), parfois appelé "starets".

La simplicité de cette prière a par ailleurs l'avantage d'éviter la distraction et de simplifier l'esprit afin de le concentrer sur la présence de Dieu. En ce sens la prière de Jésus est parfois décrite non comme une finalité, mais comme un chemin vers la prière pure, sans parole, dans le cœur à cœur avec Dieu. En ce sens, il est possible de distinguer la prière de Jésus et la prière du Coeur , même si ces deux sont souvent prises comme synonyme, en ce que la première serait une voie menant à la seconde, qui serait son accomplissement.

La prière de Jésus peut être accompagnée de prosternations (métanies) et de signes de croix. Elle est utilisée comme un moyen pour trouver la contrition et d'inscrire profondément l'humilité dans le cœur le plus intérieur de l'individu. L'un des fruits de cette prière doit être, selon une parole biblique, de transformer notre "cœur de pierre", en un "cœur de chair" sensible et ouvert à la grâce de l'amour divin.

À la fin de la prière sont parfois ajoutés le mot "pécheur" ou encore "le pécheur" comme s'il n'existait pas d'autre pécheur que l'orant.

Elle est, pour les orthodoxes, l'une des plus profondes et mystiques des prières et sa répétition incessante est souvent pratiquée même par les laïcs comme pratique ascétique personnelle. En effet, la spiritualité orthodoxe insiste sur l'appel de tout homme, laïc comme consacré, à la sanctification et l'union à Dieu. C'est ainsi qu'une des théologiens les plus important du Christianisme orthodoxe, St Grégoire Palamas affirmait: "Qu'on n'aille pas penser, frères chrétiens, que seuls les prêtres et les moines ont le devoir de prier continuellement, et non les laïcs. Non, non. Tous les chrétiens ont en commun le devoir de se trouver toujours en prière".

Il y a eu aussi un certain nombre textes catholiques sur ce sujet, mais son utilisation n'a jamais atteint le même degré de dévotion que dans l'Église d'Orient. Une version plus élaborée connue de certains catholiques romains sous le même nom est: "O mon Jésus, pardonne-nous nos péchés, sauve-nous du feu de l'Enfer, et conduit toutes les âmes au Ciel, en particulier ceux qui ont le plus besoin de Votre miséricorde".

Spiritualité Orthodoxe